Αποστολή της Επιτελικής Δομής ΕΣΠΑ Απασχόληση και Κοινωνική Οικονομία (ΑπΚΟ) είναι η υποστήριξη του Υπουργείου Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης και των φορέων που εποπτεύονται από αυτό στην αποτύπωση, ιεράρχηση και εξειδίκευση των αναγκών στους τομείς πολιτικής «Απασχόληση» και «Κοινωνική Οικονομία», καθώς και η ενίσχυση της διοικητικής ικανότητας του Υπουργείου και των εποπτευομένων από αυτό φορέων σε σχέση με τα Επιχειρησιακά Προγράμματα (Ε.Π.) του ΕΣΠΑ.

Οι τομείς πολιτικής «Απασχόληση» και «Κοινωνική Οικονομία» περιλαμβάνουν τους τομείς: α) Καταπολέμησης της ανεργίας,

β) Κατάρτισης,

γ) Ένταξης στην αγορά Εργασίας, και

δ) Κοινωνικής Οικονομίας και Επιχειρηματικότητας.

Ειδικότερα, έχει την αρμοδιότητα του σχεδιασμού των πολιτικών απασχόλησης και κοινωνικής οικονομίας του Υπουργείου, του προγραμματισμού, της εξειδίκευσης, της προετοιμασίας και της υλοποίησης έργων ή δράσεων που χρηματοδοτούνται από τα Ευρωπαϊκά Διαρθρωτικά και Επενδυτικά Ταμεία (ΕΔΕΤ) της Ε.Ε. μέσω των Ε.Π. του ΕΣΠΑ της περιόδου 2014-2020. Η Επιτελική Δομή ΕΣΠΑ ΑπΚΟ του Υπουργείου Εργασίας, Κοινωνικής Ασφάλισης και Κοινωνικής Αλληλεγγύης είναι επίσης αρμόδια για τον προγραμματισμό, τη διαχείριση, παρακολούθηση, χρηματοδότηση, υλοποίηση κάθε άλλης συναφούς ενέργειας ή/και προγράμματος που συνδέεται με πράξεις ή/και έργα, που συγχρηματοδοτούνται από λοιπά προγράμματα ή/και χρηματοδοτικούς μηχανισμούς της Ε.Ε. ή/και του Ευρωπαϊκού Οικονομικού Χώρου (ΕΟΧ).

Τέλος, έχει την αρμοδιότητα της Εθνικής Αρχής Συντονισμού – Αρχής Διαχείρισης για την εφαρμογή των δράσεων που συγχρηματοδοτούνται από το Ευρωπαϊκό Ταμείο Προσαρμογής στην Παγκοσμιοποίηση (ΕΤΠ) της περιόδου 2014-2020.